Намерих решение на проблема. new UuidCodec(UuidRepresentation.STANDARD)
трябва да е на първа позиция. Моят код изглежда така:
private static final CodecRegistry CODEC_REGISTRY = CodecRegistries.fromProviders(
Arrays.asList(new UuidCodecProvider(UuidRepresentation.STANDARD),
new ValueCodecProvider(),
new BsonValueCodecProvider(),
new DBRefCodecProvider(),
new DBObjectCodecProvider(),
new DocumentCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new IterableCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new MapCodecProvider(new DocumentToDBRefTransformer()),
new GeoJsonCodecProvider(),
new GridFSFileCodecProvider(),
new Jsr310CodecProvider(),
new BsonCodecProvider()));
Това поведение не е много хубаво и вероятно е грешка. Надявам се това да помогне на някои от вас.