Как да актуализирам всички документи в mongodb PHP

Заменете 'multi' с 'multiple' в опциите на вашата команда за актуализиране:

$db->queries->update(array(), $update, array('multiple' => true));

Вижте https://php.net/manual/en/mongocollection.update.php за всички валидни опции за актуализиране.