Същият проблем беше разрешен чрез добавяне на разрешение за изпълним файл към други потребители в /home и чак до пътя на db. например:
chmod -R o+x /<home>
или по-конкретно (забележете рекурсивния флаг -R )
chmod o+x /<home>
chmod -R o+x /<home>/mongodb