Вашата терминология е неправилна, тъй като тази структура не е "многоизмерен" масив, тъй като те имат "масиви в масиви", следователно "измерения". Това са само "обекти" в рамките на масив.
Така че вашият проблем тук е основен случай на грешни аргументи. Нямате нужда от $in
само за търсене в масив, но по-скоро е необходим "списък/масив" от аргументи, които да се приложат към полето.
Накратко, просто потърсете полето и използвайте "нотация с точки" :
.find({ "subRegions.code": regionCode }).exec(...);
Ще ви трябва само $in за по същество $or условие, търсене на алтернативни стойности за subRegions.code , така че нямате нужда от това, когато има само една стойност за съвпадение.
