Проверете раздела „Актуализиране на препратки“ на Mongoose документация за попълване .
Ще видите там, в примера, че все още трябва да запазите и двете Request и User документи, които сте създали. (В примера те първо записват потребителския 'guille', след което в обратното извикване записват 'историята'. )
В Mongoose, SubDocs
запазване, когато родителски документ записва, но .populate не прави това.