Как да премахна документ с вградена схема в mongoose?

Не мога да кажа какво не е наред с вашия пример, освен че го правите по грешен начин. MongoDB предоставя по-лесен, вграден начин за премахване на елементи от масив или чрез посочване точно, или чрез заявка:

Вижте $pull оператор .

В mongoose един от начините да направите това е:

Article.findByIdAndUpdate(this._id, {
  $pull: {
    likes: {user: user._id}
  }
}, cb);