Използвайте for цикъл, за да картографирате _id и стойностите и да съберете всички стойности в списък с документи.
Нещо като
Map<String, List<String>> inMap = new HashMap<>();
List<Document> documents = new ArrayList<>();
for(Map.Entry<String, List<String>> kv :inMap.entrySet()) {
Document doc = new Document();
doc.put("_id", kv.getKey());
List<String> values = kv.getValue();
doc.put("query", values.get(0));
... rest of values
documents.add(doc);
}
collection.insertMany(documents);