Във вашия речник MONGODB_SETTINGS ключът за името на базата данни трябва да бъде 'db', а не 'DB' (т.е. всичко с малки букви).
Грешката, която получавате, е, че разширението MongoEngine не може да намери записа „db“ във вашата конфигурация и затова използва „default“ като име на база данни.
Редактиране
При по-нататъшна проверка изглежда, че това е грешка някъде в (Flask-)MongoEngine (или възможно pymongo), където стойността по подразбиране на read_preference в mongoengine.connect е False вместо действително предпочитание за четене и не се трансформира до действителната стойност по подразбиране в pymongo
Ако добавите
from pymongo import read_preferences
към вашите импортирания и
'read_preference': read_preferences.ReadPreference.PRIMARY
към вашия конфигурационен речник, трябва да работи (това е read_preference по подразбиране в pymongo)
