Как да изпълнявате необработени команди mongoDB с помощта на mongoose?

Опитайте това:

YourModel.db.db.admin().command({setParameter: 1, internalQueryExecMaxBlockingSortBytes: <limit in bytes>}, function (err,res)
{
    console.log(res);
});

Актуализация:

Можете да го направите и без YourModel .

mongoose.connection.db.admin().command({setParameter: 1, internalQueryExecMaxBlockingSortBytes: 268435456}, function (err,result)
{
    console.log(result);
});

Просто се уверете, че го правите, след като връзката е установена.