В крайна сметка намерих решението тук. Надяваме се, че може да помогне на някой друг.
Разбира се, когато всичко друго се провали, прочетете документите...
Също така валиден е OrderedDict
query = [('collMod', 'contacts'),
('validator', {'phone': {'$type': 'string'}}),
('validationLevel', 'moderate')]
query = OrderedDict(query)
db.command(query)
{'ok': 1.0}
РЕДАКТИРАНЕ:
Текуща документация откъдето идва горното. Обърнете внимание, че това е добавено след първоначалния отговор на въпроса, така че документацията е променена, но все още трябва да е подходящо