Предаването и сериализирането на всичко към и от php клиента вероятно добавя много режийни разходи. Изпълнението на миграции от обвивката ще бъде най-бързото. Напишете ги с актуализация или използвайте курсор с forEach за итерация и извършване на извиквания за запазване .
Вижте пример за използване на курсори MongoDB актуализира множество записи на масив (към дъното).
Имайте предвид моментна снимка проблеми с курсорите. Вероятно искате идемпотентна актуализация или използвайте моментна снимка, ако колекцията не е шардирана.