Опитайте:
db.XXX.find({ "_id.module" : "B" });
Разликата е, че първоначалната ви заявка ще се опитва да намери съответствие в целия този поддокумент (т.е. където _id е поддокумент, съдържащ поле „модул“ със стойност „B“ и нищо друго)
Справка:MongoDB Dot Notation
