Robomongo :Надвишено ограничение на паметта за $group

{ allowDiskUse: true } 

Трябва да се постави точно след тръбопровода за агрегиране.

Във вашия код това трябва да изглежда така:

db.getCollection('RAW_COLLECTION').aggregate([
  // Group on unique value storing _id values to array and count 
  { "$group": {
    "_id": { RegisterNumber: "$RegisterNumber", Region: "$Region" },
    "ids": { "$push": "$_id" },
    "count": { "$sum": 1 }      
  }},
  // Only return things that matched more than once. i.e a duplicate
  { "$match": { "count": { "$gt": 1 } } }
], { allowDiskUse: true } )

Забележка:Използване на { allowDiskUse: true } може да въведе проблеми, свързани с производителността, тъй като тръбопроводът за агрегиране ще има достъп до данни от временни файлове на диск. Също така зависи от производителността на диска и размера на вашия работен набор. Тествайте ефективността за вашия случай на употреба