Как да върна вложен документ в масив

Трябва да стартирате $unwind за да получите един документ от services и $replaceRoot за да го повишите до основно ниво:

db.guilds.aggregate([
    {
        $match: { user_id: 123, "services.name": "test" }
    },
    {
        $unwind: "$services"
    },
    {
        $match: { "services.name": "test" }
    },
    {
        $replaceRoot: { newRoot: "$services" }
    }
])