Знам, че това е старо, но се натъкнах на проблема и попаднах на този въпрос. Успях да го разреша.
Проблемът ми беше в Ubuntu 18.04 и се опитвах да инсталирам и стартирам MongoDB 3.4/3.6.
Единият проблем беше липсваща директория /var/run/mongodb с подходящите разрешения, другият беше тази грешка. Все още не съм 100% сигурен дали тази грешка е свързана с директорията или не, но определено има нещо общо с конфигурациите.
Моят mongod.conf в крайна сметка има processManagement - fork, зададен на true. Промяната на това на false му позволи да започне да работи.
