Проблемът беше с моето устройство за постоянство. По подразбиране ВСИЧКИ класове Entity са включени, така че моите NoSQL и SQL обекти се предаваха както на SQL, така и на NoSQL единиците за устойчивост. Решението беше просто да се уточнят обектите в единицата за постоянство persistence.xml.
<persistence-unit name="Dastrax_NoSQL_PU" transaction-type="JTA">
<provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
<class>declare_your_entity_1</class>
<class>declare_your_entity_2</class>
<exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
<properties>
<property name="eclipselink.target-database" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoPlatform"/>
<property name="eclipselink.nosql.connection-spec" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoConnectionSpec"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.port" value="27017"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.host" value="localhost"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.db" value="dev"/>
<property name="eclipselink.logging.level" value="FINEST"/>
</properties>
</persistence-unit>