Основната разлика е, че хранилищата на документи (напр. MongoDB и CouchDB) позволяват произволно сложни документи, т.е. поддокументи в поддокументи, списъци с документи и т.н., докато хранилищата на колони (напр. Cassandra и HBase) позволяват само фиксиран формат, напр. строги едностепенни или двустепенни речници.
