Върнете определени полета с .populate() от Mongoose

Не съм напълно наясно какво имате предвид под „връщане на поле“, но можете да използвате lean() заявка, така че да можете свободно да променяте изхода, след това попълнете и двете полета и последваща обработка на резултата, за да запазите само полето, което искате:

.lean().populate('user', 'email.address facebook.address')
  .exec(function (err, subscription){ 
    if (subscription.user.email.address) {
        delete subscription.user.facebook;
    } else {
        delete subscription.user.email;
    }
  });