Можете да използвате $expr
което позволява използването на агрегиращи изрази в рамките на езика за заявки.
db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })
или с агрегиране
db.collection.aggregate([
{ "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])