Разбрах какъв е проблемът. В MongoEngine "connect" метод, replicaSet параметърът трябва да бъде указан както следва:
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
Синтаксисът на предпочитанието за четене е правилен, както е посочено по-горе. Преминаване в replicaSet параметър го накара да работи.
