Как да съвпадна точно с целия документ?

не мисля, че това е възможно директно, но възможно решение е да хеширате документа.

когато записвате, винаги създавайте хеш на документа:

var doc = {};
delete doc.hash; // never include the hash itself in the calculation
doc.hash = crypto.createHash('sha256').update(JSON.stringify(doc)).digest();
db.collection.insert(doc);

След това, когато правите заявки, можете да правите заявки чрез hash:

db.collection.find({
  hash: hash
})

може да е досадно, ако често правите атомарни актуализации на документа.