Да, можете да използвате maxTimeMS с агрегиране на pymongo.
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
Ако искате курсор:
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
Командата aggregate не поддържаше курсори преди MongoDB 2.6, така че трябваше да бъде добавена като опция, за да се избегне разрушаването на съществуващи приложения.