Можете да използвате същия стил на нотация с точка в select
обект с Mongoose, както правите във вашето find
пример:
var fields = { 'properties.OBJECTID': 1, 'properties.TIMESTAMP': 1 };
var query = Feature.find({id: 1}).select(fields);
Можете също да използвате низ за избор в стил Mongoose:
var query = Feature.find({id: 1})
.select('properties.OBJECTID properties.TIMESTAMP');