Как да направя upsert с MongoDB 2.0?

Подайте екземпляр на UpdateOptions като параметър на опциите в UpdateOneAsync(filter, update, options) , напр.:

collection.UpdateOneAsync(p => p.Id == user.Id, 
    Builders<User>.Update.Set(p => p.Name, "John"), 
    new UpdateOptions { IsUpsert = true });

РЕДАКТИРАНЕ

За да замените документа, извикайте ReplaceOneAsync вместо това:

collection.ReplaceOneAsync(p => p.Id == user.Id, 
    user, 
    new ReplaceOptions { IsUpsert = true });