Можете да създадете следния индекс:
db.posts.ensureIndex({"comments.author" : 1})
Това ще индексира само полето за автор на вградените документи. Имайте предвид, че индексът ще се използва за
db.posts.find( { "comments.author" : "julie" } )
Както и
db.posts.find( { comments: {$elemMatch: {author : "julie" }}} )