Защо тази заявка за актуализиране актуализира само един запис веднъж

Това е поведението по подразбиране на MongoDB за актуализации. Ако искате да актуализирате няколко документа наведнъж, ще трябва изрично да предоставите multi флаг:

db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )

така че ще трябва да използвате

db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
             {"$set":{status:0}}, 
             false, 
             true);

вместо това.

От документация :