Това е доста конкретен въпрос, но ако някой се натъкне на подобен проблем, проблемът ми беше, че написах файл с всичките си документи като json, за да използвам mongoimport на отдалечен сървър.
Проблемът беше, че JSON.stringify() ще преобразува objectId в низ. За да го поправя, написах просто малък скрипт за преминаване през всички обекти в моя потребителски масив и преобразуване на всички _id обратно в objectId със следната команда:
var mongoose = require('mongoose');
user._id = mongoose.Types.ObjectId(users[i]._id);
След това извикване на Model.create() на моя mongoose модел с актуализираните документи за масово вмъкване и изтриване на оригиналните документи
