Това в момента не е възможно с TTL индекс. Mongod ще премахне целия документ след определен брой секунди или в точно определено време.
Бих препоръчал да съхранявате поддокумента на сесията в отделна колекция и да добавите TTL индекс към тази колекция.
Ако не можете да промените схемата си, алтернативата е да създадете фоново задание, което ще изтрива вложени документи от вашата колекция на всеки 60 секунди.