Най-простият начин е да използвате ключалки (двуфазов ангажимент), въпреки че това не е много ефективно в някои случаи. За по-висока едновременност може да се внедри някакъв вид MVCC в горната част на Mongo. Тази статия предоставя добро описание:
http://highlyscalable.wordpress.com/2012/ 01/07/mvcc-transactions-key-value/