Можете да използвате всяка от тези три библиотеки
- Flask-PyMongo - https://flask-pymongo.readthedocs.io/en/latest/
- Flask-MongoAlchemy - https://pythonhosted.org/Flask-MongoAlchemy/
- Flask-MongoEngine – http://docs.mongoengine.org/projects/flask-mongoengine/en/latest/
Аз лично използвам flask mongoengine и всичко работи добре