Дадена база данни mongo е разбита на серия от BSON файлове на диск, с увеличаване на размера до 2GB. BSON е собствен формат, създаден специално за MongoDB.
Тези слайдове трябва да отговорят на всичките ви въпроси:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database