Опитвали ли сте да добавите друга проекция за включване? Мисля, че може да успеете да добавите нещо тривиално като foo:1 (това не е реално поле) и би трябвало да работи.
Така:
{ 'countries' : { '$slice' : [0, 3] }, '_id' : 0, foo : 1 }
Ако не работи, предлагам да подадете грешка с mongo. Те всъщност са много добри за реагиране на грешки.