mongod по подразбиране местоположението на базата данни е /data/db/ .
Ако стартирате ps -xa | grep mongod и не виждате --dbpath което изрично казва mongod да погледнете този параметър за местоположението на db и нямате dbpath във вашия mongodb.conf , тогава местоположението по подразбиране ще бъде:/data/db/ и трябва да погледнете там.