MongoDB .NET не генерира _id при upsert

И разбира се намирам отговора веднага след публикуването на въпроса. От този отговор решението е да добавите [BsonIgnoreIfDefault] атрибут към идентификатора. В примера от въпроса би било:

public class MongoObject
{
    [BsonId(IdGenerator = typeof(StringObjectIdGenerator))]
    [BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
    [BsonIgnoreIfDefault]    // <--- this is what was missing
    public string MongoID { get; set; }

    public int Index { get; set; }
}