Трябва да извикате mongoose.disconnect() за да затворите връзката, но също така трябва да изчакате, докато всички save повикванията са завършили своята асинхронна работа (т.е. са извикали обратното си повикване), преди да направят това.
Така че или просто пребройте колко са все още неизпълнени, за да следите, или използвайте рамка за контрол на потока като async да направя нещо по-елегантно.