Ако не ви се повтаря, опитайте
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove( callback );
или
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove().exec();
mongoose.model.find връща заявка, която има remove функция.
Актуализация за Mongoose v5.5.3 - remove() вече не се препоръчва. Използвайте deleteOne() , deleteMany() или вместо това findOneAndDelete() instead.