Условие на заявка за MongoDb при сравняване на 2 полета

Можете да използвате $where. Само имайте предвид, че ще бъде доста бавно (трябва да изпълнява Javascript код за всеки запис), така че комбинирайте с индексирани заявки, ако можете.

db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );

или по-компактен:

db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );

UPD за mongodb v.3.6+

можете да използвате $expr както е описано в скорошен отговор