Изтриване на дубликати въз основа на множество колони

Използвайте cte и задайте номера на редове, така че всички освен една за дублиращи се двойки да могат да бъдат изтрити.

with rownums as 
(select m.*, 
 row_number() over(partition by ToUserId, FromUserId order by ToUserId, FromUserId) as rnum
 from Message m)
delete r
from rownums r
where rnum > 1