Разбрах решението.
Импортирах/експортирах с помощта на phpmyadmin. Така че бяхме изправени пред тези проблеми.
Сега опитахме с командния ред и всичко работи добре без никакви проблеми.
Използвайте това за експортиране:
mysqldump -u username -p databasename > filename.sql
Използвайте това за импортиране:
mysql -u username -p databasename < filename.sql