За ubuntu (използвах ubuntu 12.04), конфигурацията по подразбиране на phpmyadmin apache може да бъде намерена на /etc/phpmyadmin/apache.conf
Можете да го отворите като напишете sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf
и смени третото
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Не забравяйте да рестартирате услугата apache,
sudo service apache2 restart