Самият аз се сблъсках със същото нещо, след като актуализирах до 4.6.0, това, което направих, за да реша проблема, беше да изтрия съдържанието на директорията phpmyadmin с изключение на конфигурационния файл (config.inc.php в корена). След като това беше направено, качих отново 4.5.4, който може да бъде получен от тук https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 просто щракнете върху изтегляне zip в горния десен ъгъл и това е официалното им репо между другото.
