Е, това няма нищо общо с Kohana. Бих ви препоръчал да не правите това чрез PHP, тъй като тогава имате памет и времеви ограничения. Ако можете, използвайте терминала.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Замяна на [value]
със съответните им стойности.