Най-накрая го намерих.
Очевидно имаше някои проблеми с несъвместимостта след надстройката до MySQL 5.6.
За да проверите за такива проблеми и да ги поправите, ще трябва да направите надстройка на MySQL.
Просто стартирайте следното на терминал:
mysql_upgrade -u root -p
Въведете паролата си и изчакайте, докато надстройката завърши.
Това реши проблема за мен.