Само забележка, ако някой работи с подобни проблеми:
Имах подобен проблем --- Вмъкване на заявка, работеща на PHPMyAdmin, но не работеща на PHP и не издаване на грешки (резултатът беше вярен през цялото време).
Причината е, че стартирах транзакция, но забравих да я завърша...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Никога не забравяйте това:
$mysqli->commit();
Това е глупава грешка, знам, но бях толкова фокусиран върху мистерията на заявката, че забравих изявленията за транзакциите няколко реда по-горе.