Най-лесният начин да промените двигателя по подразбиране е да влезете в phpMyAdmin и след това отидете на Променливи>> машина за съхранение
щракнете върху редактиране и въведете InnoDB .
машината за съхранение по подразбиране вече е InnoDB
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_storage_engine