Можете да направите това с проста актуализация:
UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')
Или, ако използвате ЗАРЕЖДАНЕ НА ДАННИ INFILE за да попълните таблицата, можете да шифровате паролите след това:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table
(col1,...,@password,...,coln)
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')