Бих направил обяснение, за да можете да видите какво прави mysql. Това ще даде добра индикация за това колко реда се използват.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
можете също да използвате друг браузър или друга сесия, за да използвате show processlist, за да видите как се изпълнява заявката.