Съдейки по факта, че получавате "#1064 -" като изход, мога да намеря само две места в източника на phpMyAdmin 3.3.9.2, където може да се появи грешката. Първият е в извикването на mysql_error или mysqli_error , в зависимост от това кой бекенд използва вашата инсталация. Виждам, че казахте, че mysql_error работи добре; ако информационната страница на phpMyAdmin, която получавате при първото влизане, показва, че се използва mysqli, може да искате да проверите и това.
Но ако mysql_error работи, изглежда по-вероятно проблемът да е във функцията за преобразуване на набор от знаци на phpMyAdmin PMA_DBI_convert_message в libraries/database_interface.lib.php. Можете да потвърдите това достатъчно лесно, като вмъкнете return $message; в самия връх на тази функция, заобикаляйки всичко останало там. Ако това го кара (повече или по-малко) да работи, вероятно бихте искали да определите какво $server_language и $GLOBALS['charset'] се подготвят; вижте дали преобразуването използва iconv , recode_string , libiconv или mb_convert_encoding; и след това се опитайте да разберете защо кое от тях не успява да преобразува правилно съобщението за грешка.