Проблемът беше в грешните разрешения за /etc/phpMyAdmin директория. Потребителят на уеб сървъра, apache, имаше правилни разрешения за session.save_path директория, но apache не можа да прочете от моя файл config.inc.php. Смяната на собственика на /etc/phpMyAdmin към потребителя на apache и промяната на разрешенията на 755 реши проблема.
Разглеждайки checkConfigSource() функция в Config.class.php ме накара да повярвам, че ако проблемът беше с достъпа до конфигурационния файл, тогава щях да получа грешката 'Existing configuration file (%s) is not readable.' вместо Call to undefined function __() Някой знае ли защо това не беше така?
Това беше доста основен проблем/решение, но освен ако някой не предложи друго, мисля, че ще го оставя, тъй като този точен проблем/решение не е разгледан в други дискусии на Fatal error: Call to undefined function __() in /usr/share/phpMyAdmin/libraries/core.lib.php грешка при опит за стартиране на phpMyAdmin след инсталиране.